La commune est située entre le Doubs et la Saône. La partie la plus ancienne du village de Mont-lès-Seurre se trouve sur une hauteur non loin du Doubs, et l’origine de son nom vient de cette situation dans une région de plaine inondable. L’habitat est concentré dans le village de Mont-lès-Seurre, situé au sud de la commune, dans son hameau principal Chazelle, en bordure de Saône au nord, et dans le petit hameau de Méchin, au nord-est. L'église de Mont-lès-Seurre, dédiée à saint Martin, remonte au XVe siècle. Elle est le dernier édifice à avoir conservé des murs à pans de bois et torchis, unique en Bresse bourguignonne. La maison du pâtre communal qui, jusqu'entre les 2 guerres, conduisait les troupeaux de tous les propriétaires dans les vaines pâtures, a été conservée et transformée en abri de bus. La commune dispose d’une mise à l’eau à Chazelles.