L’église paroissiale Notre-Dame de Clessé laisse entrevoir deux phases de construction romane. Un premier édifice est vraisemblablement bâti à la fin du Xe siècle, au plus tard au XIe. Il en reste la façade, la nef et la travée sous clocher. Le décor de la façade, avec ses bandes lombardes, est typique du premier art roman en Mâconnais. La deuxième phase de construction date visiblement de la seconde moitié du XIIe siècle et comprend l’installation du clocher octogonal encore en place, dont le décor est beaucoup plus abouti. Vers 1510, la chapelle sud est ajoutée, et en 1670, le chevet plat actuel vient remplacer l’abside primitive. Dans la seconde moitié du XIXe siècle, l’église est restaurée plusieurs fois. C’est à cette période qu’est construite la chapelle nord, tout comme la sacristie et la tourelle d’escalier. Les baies modernes sont également percées à cette occasion. L’église est depuis régulièrement entretenue. Elle est inscrite au titre des Monuments Historiques depuis 1929, et son clocher est classé depuis 1930.

L'église Saint-Pierre datant du début du XIIe siècle, placée sous le vocable de saint Pierre, est romane dans l'ensemble malgré de nombreux remaniements. Elle est composée d'une large nef unique, d'une arcade brisée vers la travée sous clocher, et d'une abside en hémicycle reconstruite au XVIIe ou XVIIIe siècle. La travée de chœur est voûtée d’un berceau en plein cintre, soutenu par deux arcs de décharge.