L'église de Saint-Germain-en-Brionnais faisait partie à l'origine d'un monastère d'Augustins (chanoines pauvres), fondé vers 1070 par l'évêque d'Autun. Il est l'un des rares monastères, avec Anzy-le-Duc et Saint-Rigaud, à échapper à la domination clunisienne au Moyen-Âge. L'église présente une architecture sobre, reflétant le vœu de pauvreté des chanoines qui l'occupèrent à l'origine. Parmi les églises romanes du Charolais-Brionnais, elle est la seule à s'apparenter aux églises-halles (plus présentes dans le Nord de l'Europe et les régions germaniques), c'est-à-dire composée de trois vaisseaux de même hauteur. A l'intérieur, on trouve un débeurdinoir (pierre d'autel avec un trou), censé soigner les simples d'esprit.

L'église, placée sous le vocable de Saint Denis a connu trois étapes de construction : - le clocher, l'abside et la travée sous clocher de style roman constituent les parties les plus anciennes, du début du XIe au début du XIIIe. - la nef, avec sa voûte en berceau brisé, est d’époque gothique. - au XIXe siècle, on décide la construction de la sacristie (1821) et l'adjonction de bas-côtés (1845-1846).