La commune est située à 5 km de Louhans-Châteaurenaud et possède une halte nautique sur la Seille. La Voie Verte La Bressane reliant Chalon sur Saône à Lons le Saunier passe aussi par la commune.
L’église, datant du milieu du XIIe siècle, a dû être construite par les moines bénédictins de Cluny, qui possédait un prieuré à Germagny jusqu’au XVe siècle (maison Chaumont). Un soubassement en arêtes de poisson témoigne de fondations plus anciennes.
Lavoir situé en contrebas du bourg de Germagny, le long de La Guye.