Elle fut édifiée au début du XIème siècle et fait suite à la première église donnée par les Sires de Brancion en 927 à Cluny. En 1156, Blanot devenait une prévôté du domaine abbatial de Cluny. La nef mesurait 25,15m de long, elle fut réduite de 6m dans les années 1930. Elle a retrouvé sa charpente apparente depuis la restauration de 1981.
L’ancien cimetière paroissial occupait la plate-forme où se trouve l’église et à l’époque mérovingienne, il débordait au delà du bâtiment des moines de Cluny.
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