L'église actuelle fut construite en 1865-1866 en remplacement d’une chapelle très ancienne désaffectée, dédiée à saint Gilles. Il fallut attendre que Saint-Gilles soit érigée en commune par décret impérial de l’empereur Napoléon III le 9 avril 1862. Le 20 juin 1862, la municipalité fut organisée avec son premier maire et conseil municipal qui deux ans plus tard lancèrent une souscription pour acquérir les bâtiments Desmarets construits à l’origine par un trésorier du roi. La mairie et l'école furent installées dans ces bâtiments et en 1866, les magasins faisant partie de l’acquisition, ceux-ci furent convertis en église et mis en état d’y célébrer le culte. L'aspect de l'église est peu commun puisque ces magasins consistaient en une immense construction, bâtie très solidement sur une des plus belles caves des environs. Trois travées (cuveries) furent affectées à l’église, la quatrième (écurie) en sacristie et la cinquième (remise) en réserve puis en logement du desservant. L’évêque d’Autun écrit en 1901 au préfet que la cave pleine d’eau forme un véritable petit lac. L’église ne possède donc ni abside, ni transept et n’est donc pas en forme de croix latine comme le veut la tradition. La commune dut attendre d’avoir les moyens de racheter les bâtiments, où sera construit le clocher-porche en 1889-1890 sur les plans de 1888 de l’architecte parisien François Dulac.

Anciennement appelée Saint-Sébastien, l'église Saint Roch daterait du XIIe siècle. Posée sur un important rocher, l’église maintenant placée sous le vocable de saint Roch est l’ancienne chapelle castrale des seigneurs d’Uchon. Les armes royales de France composées de trois fleurs de lys figurent au-dessus de la fenêtre du clocher. C’est un petit édifice de 21,50 m x 10 m, au plan barlong, très simple. Une nef rectangulaire romane non voûtée se prolonge par une croisée de transept plus étroite qui ouvre, par un large arc doubleau en plein cintre, sur un chœur légèrement oblong à chevet plat accosté d’une sacristie. Le chœur a été construit en 1347 par la reine Jeanne de Navarre, fille de Louis X le Hutin et de Marguerite de Bourgogne; il offre un couvrement intéressant, sur croisée d’ogives, dont les larges arcs sont creusés en cavets et reposent aux angles sur des culs­ de-lampe. Une large ouverture en lancette à remplage flamboyant éclaire le chevet. Les fenêtres en plein cintre de la nef ont vraisemblablement été agrandies. Le mur pignon de la façade occidentale est percé d’une porte surmontée d’une fenêtre très étroite, mais l’entrée de l’église se fait actuellement par une porte latérale. Un clocher rectangulaire s’élève au-dessus du transept. Il est, comme le reste du bâtiment, couvert d’ardoises et percé au niveau supérieur d’ouvertures en plein cintre avec abat-sons . D’épais contreforts à glacis soutiennent les murs de la nef et du chœur. L’autel du chœur et ceux de la nef sont décorés d’arcatures gothiques ouvragées. À gauche de l’autel une petite niche à décor gothique renfermait autrefois un reliquaire contenant les restes de saint Sébastien, objet d’importants pèlerinages à la suite des épidémies de peste de 1502 et 1652.

L’oratoire a été implanté directement sur un bloc granitique. Il est ouvert vers l’Est. On y accède par quelques marches en granit. Il est couvert d’une coiffe élancée surmonté d’une croix métallique. La maçonnerie est faite de blocs de granit assisés, peut-être issus du château qui était déjà en ruine lors de la construction de l’oratoire. À l’intérieur, un calvaire surmonté d’une Vierge à l’Enfant est posé. Il est en grès, finement sculpté. La Vierge n’a été ajoutée que récemment, entre 1920 et 1950. La maçonnerie à l’intérieur ne présente pas de détail ou décor particulier hormis la présence d’une pierre traversante (façade Ouest) formant un chapiteau sculpté et une croix en bas-relief à l’extérieur. À partir du XVe siècle, Uchon connaît un développement important, lié au pèlerinage autour des reliques de saint Sébastien (déposées dans l’église Saint-Sébastien, aujourd’hui dédiée à Saint-Roch, par le seigneur de Chateauvillain à son retour de croisade au XIIe s.). Face à l’afflux de pèlerins, l’église s’avéra trop petite. Un autel à l’extérieur est alors construit afin de réunir les fidèles lors de cérémonies. C’est ainsi que l’oratoire fut édifié. L’autel a été remplacé par un calvaire. Il fait partie, avec l’église et les ruines du château, d’un site classé en 1940.