L'hôpital a été fondé en 1700 par Charles de la Boutière, Baron de Chagny.
L'apothicairerie créée en 1715 renferme de belles boiseries et offre une collection de pots en faïence de Nevers et Porcelaine de Paris du début du XIXème siècle, des mortiers, trébucher, balance, et herbiers.
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L'Hôtel-Dieu de Tournus, un témoin privilégié de l'histoire hospitalière. Construit au XVIIe siècle puis agrandi jusqu'à la fin du XVIIIe, l'Hôtel-Dieu de Tournus, avec ses trois salles des malades, ne craint pas de rivaliser avec celui de Beaune.
Les salles anciennes ont été restaurées avec leur mobilier d'origine de façon à restituer l'atmosphère d'alors.
Les traditionnels lits clos en chêne sont encore alignés avec leur poêle central, les ustensiles d'époque.