La basse vallée du Doubs, classée zone Natura 2000, est un véritable joyau ornithologique et floristique. Cet espace abrite une faune et une flore particulièrement diversifiées que l’on peut découvrir en empruntant un sentier de randonnée.

L'église est placée sous le vocable de Saint-Étienne, elle a conservé son chœur ancien du XVe siècle, voûté d'ogives. Y est visible un tableau du peintre Camille Bouchet réalisé en 1849 : Lapidation de Saint-Etienne, réinstallé début 2020 après avoir été restauré.

L'église paroissiale Saint-Paul de Saint-Marcelin-de-Cray est un bâtiment de l'époque romane édifié vers le milieu du XIIe siècle. Le décor de bandes lombardes du clocher est alors déjà un peu archaïque. La nef de trois travées, voûtée en berceau brisé, précède une travée de chœur plus basse, sur laquelle le clocher a été établi, et une abside voûtée en cul-de-four. On a découvert des peintures murales gothiques lors de travaux en 1982 dans l'abside. Elles ont depuis lors été restaurées. Le décor de faux appareil et de fleurettes, ainsi que le motif en damier, outre les personnages figurés (les apôtres), font penser à une réalisation de la fin du XIIIe ou du début du XIVe siècle. Cette église romane offre une très belle unité architecturale. Elle mérite vraiment de s'écarter des axes principaux pour une visite particulière.