L'église de Saint-Germain-en-Brionnais faisait partie à l'origine d'un monastère d'Augustins (chanoines pauvres), fondé vers 1070 par l'évêque d'Autun. Il est l'un des rares monastères, avec Anzy-le-Duc et Saint-Rigaud, à échapper à la domination clunisienne au Moyen-Âge. L'église présente une architecture sobre, reflétant le vœu de pauvreté des chanoines qui l'occupèrent à l'origine. Parmi les églises romanes du Charolais-Brionnais, elle est la seule à s'apparenter aux églises-halles (plus présentes dans le Nord de l'Europe et les régions germaniques), c'est-à-dire composée de trois vaisseaux de même hauteur. A l'intérieur, on trouve un débeurdinoir (pierre d'autel avec un trou), censé soigner les simples d'esprit.

L'église de 1837-1838 dont les trois nefs ont une superficie de 285 mètres carré suffit à peine à la population de 930 habitants, les collatéraux sont couverts en tuiles, la nef et le chœur en dalles d'un poids considérable, les laves du chœur reposent sur une voûte en maçonnerie, celle de la nef sur des lambris. Un projet de reconstruction, confié à un architecte de Chalon, est adopté à l'unanimité par le conseil municipal et le conseil de fabrique. Il est achevé en 1863.