L'église de Bergesserin n’a conservé de l’époque romane du XIe siècle et XIIe siècle que le chœur, l’abside, la travée sous clocher et le clocher qui sont classés par les Monuments Historiques, par un arrêté du 12 janvier 1945. La nef et le transept sont modernes. Elle est dédiée à Saint Loup. Le chœur est tourné vers l'est, symbole de la Résurrection.

Dans le hameau de Morey, se trouve l'ancienne église paroissiale datée de la fin du XIIIe siècle. Curieusement cette église dédiée à la Nativité de la Vierge fut bâtie à 500m du bourg en hauteur. Le terrain fut donné par Guillaume de Morey et l'église bâti en 1295, année année de l'agrandissement du château des évêques où se trouvait une première église paroissiale dans l'enceinte. L'association des Amis des Vieilles Pierres de Lucenay l'Evêque évoque un ancien prieuré, sur lequel aurait été construite l'église. Au XVIIe siècle Lucenay était un lieu de pèlerinage contre la rage et l'on y venait de fort loin pour les cures miraculeuses qui s'y opéraient.Le clocher en bois avec sa flèche fut détruit par la foudre en 1811 et remplacé par un clocher à dôme s'inspirant de Saint-Pierre-de-Rome (architecte Joubert). L'église mal entretenue dans les XVIIIe - XIXe siècle, et peut-être trop petite, fut abandonnée en 1900 pour une nouvelle église bâtie face à la mairie. Depuis 1971 l'association pré-citée travaille à la sauvegarde de ce très bel édifice roman. L'église romane est composée d'un chœur "voûté à nervures" prolongé par une longue nef plus basse et un collatéral construit vers 1680. Au niveau de la jonction entre la nef et le chœur se trouvait le clocher (effondré en 1959 avec la toiture de la nef). Au même niveau se trouve une chapelle flanquée d'une tourelle. Le cimetière est resté autour de l'église. Elle n'apparait pas sur la carte Cassini.