Construit au XIème siècle, reprise au XIIème siècle, ce bâtiment est axé exceptionnellement nord-sud. Cette église est remarquable par son clocher rectangulaire de 35 mètres de haut. Elle dispose de trois nefs dont le transept est peu marqué. Les puissantes colonnes façonnées portent les arcs en plein cintre. La voûte centrale construite elle aussi en plein cintre s'est effondrée. Elle fut reconstruite au XIIème siècle en cintre brisé plus élevé. Ainsi, la fenêtre sous le clocher donne dans la nef et n'éclaire plus le chœur.

L'église de Bergesserin n’a conservé de l’époque romane du XIe siècle et XIIe siècle que le chœur, l’abside, la travée sous clocher et le clocher qui sont classés par les Monuments Historiques, par un arrêté du 12 janvier 1945. La nef et le transept sont modernes. Elle est dédiée à Saint Loup. Le chœur est tourné vers l'est, symbole de la Résurrection.

L'église est celle d'un prieuré de femmes fondé par les seigneurs de Brancion au XIe s. Le bâtiment initial a été agrandi à la fin du XIIe s., puis la nef a été détruite au XVIIe s. A voir, à l'intérieur : pierres tombales et dalles de l'époque gothique ; à l'extéieur : porte fortifiée de l'ancien prieuré.