Église paroissiale majeure de la ville, l'église Notre-Dame est un bel édifice gothique du XIIIe siècle dont le grand porche, qui débordait sur la place, a été détruit un peu avant la Révolution. A l'intérieur, l'homogénéité architecturale est remarquable et une belle lumière éclaire cet édifice très sobre sur lequel veille Pidou-Berlu ! Elle a été classée aux Monuments Historiques en 1862. Elle est caractérisée par son clocher lanterne, les rosaces du transept, la galerie de la nef. L’église offre 50 sculptures de visages d’époque gothique ; parmi celles-ci, ces têtes jeunes et feuillues ou celle, triple et couronnée appelée le Pidou-Berlu, qui est, en fait, une représentation de la Sainte Trinité. L’étalon de la tuile mâconnaise intégré au mur de l’église explique le nom au XVe siècle de Notre-Dame des Panneaux (ecclesia Nostrae Dominae de panellis). L’église gothique Notre-Dame a servi au XVe s de dépôt des poids et mesures. Présente au cœur des activités urbaines, elle jouissait du privilège de conserver les « panneaux », ou étalons de mesure légale des grains, des farines, des catégories de pains, ainsi que ceux des carreaux et des tuiles.

L'église Saint-Marcel de Cluny occupe l'emplacement sur lequel était construit la chapelle de Saint Odon qui datait de la fin du XIe siècle. La partie la plus remarquable de l'église est son clocher roman : une tour octogonale couronnée par une grande flèche dont la construction ne remonte qu'au XVIe siècle.

Citée pour la première fois en 1075, cette chapelle est aujourd’hui englobée dans une villa moderne du 19e siècle. Située au sud de l’abbaye, sur une colline, à proximité de la porte Sainte-Odile (anciennement Odilon), elle était dédiée au saint Odilon de Mercœur, cinquième abbé de l’abbaye de Cluny dont le culte s’est largement développé au milieu du 11e siècle. Certainement construite dans la deuxième moitié du 11e siècle, elle était entourée d’un petit cimetière et a été le lieu de signature de plusieurs actes. La chapelle est une propriété privée qui ne se visite pas.