La chapelle du hameau de Fissy, ancienne dépendance des bénédictins de Saint-Philibert de Tournus (citée pour la première fois en 1119), domine le vignoble, avec son clocher aux tuiles vernissées. Bien que partiellement rebâtie en 1823 (allongement de la nef et construction d’un clocher), cette chapelle placée sous le vocable de Notre-Dame-de-Pitié a gardé le plan et l’esprit du volume roman primitif. Son chœur voûté est du XIIe siècle et plusieurs pierres posées en opus spicatum (« en arêtes de poisson ») à la base du chevet rappellent l’ancienneté de l’édifice (appareillage utilisé avant l’an mil).
Le chœur, qui a conservé une piscine liturgique typiquement gothique, est percé à l’est d’une baie voutée fortement ébrasée, qui surplombe l’autel et est ornée d’un vitrail créé en 2012 par le maître verrier Paul Duckert, formé à Taizé.
De 2009 à 2013, la chapelle a fait l’objet d’une campagne de restauration (trois tranches), décidée par la commune et soutenue par l'association Lugny Patrimoine, avec l’aide de la Fondation du Patrimoine. À cette occasion, elle a retrouvé plusieurs éléments du mobilier dont elle disposait au début du XIXe siècle, qui ont été rénovés et sont rassemblés, pour l’essentiel, à l’intérieur du chœur (notamment deux tableaux, l'un représentant saint Étienne, martyr, et l'autre une Vierge à l'Enfant).
L'église, placée sous le vocable de Saint-Jean-Baptiste, a la particularité d'avoir conservé deux cloches antérieures à la Révolution française, l'une d'elles ayant été fondue en l'an 1517.
La construction de l'église pourrait remonter au XIe siècle. Sa construction a dû coïncider avec la fondation, au XIe siècle, par les Moines de l'Abbaye de Saint-Marcel, d'un prieuré à Pontoux.
Simplicité, rusticité, sont bien les caractéristiques de cette église flanquée de ses deux chapelles latérales qui repose dans un petit cimetière paroissial.
La nef actuelle daterait de la seconde moitié du XVIIIe siècle. L'ensemble de l'édifice a été terminé en 1787, date inscrite sur le porche du clocher.
L’église est placée sous le patronage de saint Pierre-aux-Liens, patron des moissonneurs. En 1730 l’état de l’église, proche de la ruine, conduit à sa reconstruction complète en briques et carreaux. Cet édifice est victime de la foudre qui frappe le clocher dans la nuit du 23 au 24 mai 1907.
Cet édifice a pris la suite d'une très ancienne chapelle construite en 1120 devenue église paroissiale en 1271. L'architecture générale de l'église rappelle ces édifices construits selon le style roman, en Bourgogne, jusqu'à la fin du XIIIe siècle.
L'église Saint Denis date du XIIème siècle, mais il ne reste rien de l’édifice roman construit à cette époque, elle a été reconstruite vers le XVIIIème siècle et le clocher date de 1838.
L'église est placée sous le patronage de saint Gervais (de Chalon), un diacre assassiné dans la forêt environnante, alors qu'il retournait dans son pays, la ville du Mans, au retour d'un pèlerinage à Rome. L'évêque de Chalon fit construire dès le VIIème siècle une chapelle sur le lieu de son supplice. L'église actuelle date du XIVème.
L'église Saint-Martin a été édifiée au XVe siècle, début du XVIe, elle est le seul édifice religieux de la Bresse bourguignonne qui ait conservé ses pans de bois.
Cet édifice est à la fois néo-romane et néogothique, style éclectique mis en vogue par Viollet-le-Duc et qui s'inspire du style architectural des XIIe et XIIIe siècles. L'église a été bâtie sur les plans de l'architecte chalonnais Narjoux qui avait d'ailleurs travaillé avec Viollet-le-Duc pendant de nombreuses années.
L'église est dédiée à Saint Grégoire-le-Grand, pape. Ce pape a réformé la liturgie et répandu l'usage du chant grégorien. On découvre un clocher couvert de tuiles vernissées, en forme de bulbe que l'on appelle «clocher à l'impériale » ou aussi « clocher-comtois ».