L’église de Varennes-le-Grand, sous le vocable de saint Germain, évêque d’Auxerre, était une construction du XVe siècle, qui fut allongée de moitié en 1824, le clocher placé en façade. Des peintures murales de 1560 avec blason, découvertes en 1872, représentaient saint Sébastien, saint Roch, et le Couronnement de la Vierge. Elles disparurent avec la démolition de cette ancienne église, entre 1876 et 1878, un projet d’agrandissement de 1855 de l’architecte chalonnais Narjoux n’ayant pas été retenu. Le projet fut repris par l’architecte Berthelot ; les travaux furent adjugés, puis arrêtés, aux deux-tiers de l’achèvement, par la faillite de l’entrepreneur. En 1879, le conseil municipal vota la démolition des travaux commencés et la reconstruction totale de l’édifice selon les plans de l’architecte départemental Giroud. Les travaux furent adjugés en 1880. On conserva le clocher de l’ancienne église, mais celui-ci fut frappé par la foudre en 1887. Il fallut le démolir et on plaça provisoirement les cloches, sur le parvis de l’église, ce qui lui donne cet aspect inachevé.