Culles-les-Roches possède un site préhistorique et des vestiges de la période gauloise, gallo-romaine et mérovingienne. Au Moyen Age, le village dépendait de la Châtellenie de Saint-Gengoux-le-Royal. C’est sous l’influence de Cluny que fut construite l’église de Culles-les-Roches, au XIème siècle, sous le vocable de Saint-Germain. Ce saint naquit près d’Autun (v.496-v.576) et fut évêque de Paris.