Situé au confluent du Doubs et de la Guyotte, Navilly fait le bonheur des pêcheurs. On peut y admirer deux ponts édifiés au XVIIIe siècle par Emiland Gauthey. L’un de ces ponts, situé sur le Doubs, est classé monument historique. L’église date du XIXe et est placée sous le vocable de l’Assomption de la Vierge. Le village compte aussi un château du XVIIIe (privé) et une chapelle du XIe siècle, la chapelle Saint Léger qui fut restaurée en 1975.